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NEWS尿液cfDNA研究难点解析 | EVO视讯
来源:赵祥政 日期:2025-02-27血液游离DNA(cfDNA)相关的临床研究与应用已经非常成熟。然而,尽管尿液作为一种可大量收集的体液样本,能够实现真正意义上的无创采集,其研究数量却远不及血液。究竟尿液cfDNA有什么特殊之处?其研究面临的挑战又是什么呢?
尿液的成分十分复杂,DNA酶的活性较高,导致核酸更加容易降解。此外,尿液中存在大量微生物,这也会导致样本失效,使得样本的采集与cfDNA的保存变得更加困难。为了应对这一挑战,EVO视讯推出了PAXgene尿液液体活检套装。该尿液采集杯可一次性收集120ml尿液样本,并通过保存管的真空负压在不开盖的情况下将样本转移到保存管中,并进行混合,操作简单、干净卫生,有效避免了开盖污染。保存管能够保持最高10ml尿液样本,利用非交联反应的保护机制,稳定尿液中的cfDNA,防止核酸酶降解,并有效抑制微生物增殖。相比于血液,尿液样本需要更加及时地进行收集和保存,因为在常规条件下,cfDNA的降解速度更快,且gDNA污染的情况更为严重。PAXgene尿液保存管支持在各种复杂条件下的样本储存与运输,包括室温、冷藏及高温等,从而极大地减少降解和gDNA污染,并抑制细菌增殖,使cfDNA的稳定性可长达10天。
尿液中的cfDNA片段相较于血液,降解程度更高且片段大小可变,这对基因组的分子研究造成了一定的阻碍。尽管尿液中DNase I的活性是血清中的上百倍,但来自美国转化基因组学研究所的研究人员发现,尿液cfDNA片段在40-120bp之间有多个显著的峰值,其模式显示81bp的主峰及10bp的周期性,这显然无法仅由DNase I的作用解释。众所周知,cfDNA的片段化与核小体结构密切相关,血液中的cfDNA大多受到核小体的保护,其特征大小为167bp,并在100-160bp区域有104bp的周期性,这与核小体结合DNA的螺旋间距密切相关。因此,研究人员推测,尿液cfDNA片段的分布可能与其独特的核小体降解模式有关,后续实验证实了该假设。实际上,由核小体介导的cfDNA全基因组分布与断裂并非随机,因此,可以利用cfDNA的末端序列特征与长度分布等信息,追溯ctDNA的组织来源。
尿液中的游离核酸浓度普遍较低,并且个体差异巨大。有研究表明,吸烟者尿液中的cfDNA含量比非吸烟者更高(女性分别为946和904ng/ml;男性分别为496和293ng/ml),而胰腺导管腺癌患者的尿液中cfDNA的平均含量为57ng/ml。因此,在研究尿液cfDNA时,通常需要投入更多的起始样品。EVO视讯经典游离核酸提取方案QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (#55114)简化了从血清、血浆和尿液等无细胞体液中纯化游离核酸的过程,无需使用离心机或任何磁珠操作,只需搭配EVO视讯的QIAvac24真空系统,即可实现更高效、高通量的游离核酸纯化。为了更好地支持尿液cfDNA研究,该试剂盒在原有支持5ml的基础上,新增补充方案,支持最高10ml起始样本的cfDNA提取,帮助研究人员一次性获得足够的研究材料。如果需要处理更大体积的样本,还可以通过超滤浓缩后进行提取。
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